Спасибо! Наверное даже если кто-то знает, сколько надо ридов и какой длины, нужны ли парные, то уже можно будет прицениться.

Хотел быстро прикинуть, но как-то не особо получается.

Сколько нужно ридов - сложно сказать, для человека достаточно 25 млн, для дрожжей, конечно, можно меньше. Напрямую сравнивать размер генома скорее всего не корректно. Если сравнивать количество генов, то экзом дрожжей всего примерно в 5 раз меньше человеческого. Тогда он в miseq уже не попадает, остаётся nextseq mid, в который можно загрузить около 20 образцов.
Но тут нашел статью, где народ секвенировал патогенные дрожжи на iSeq 100, по две библиотеки за запуск. Miseq больше iSeq в 3-4 раза, соответственно в запуск майсека можно взять около восьми образцов. В общем, если у кого-то есть более точные цифры - пишите, будет интересно узнать.
Для транскриптома стоит выбрать картридж на 150 циклов и читать по 75 в обе стороны, так будет дешевле, хотя тут простор фантазии открыт. Картридж для майсека стоит порядка 150к рублей.
Illumina предлагает набор для транскриптома дрожжей, максимальное количество реакций в нем - 24. Набор от иллюмины может выйти в 5-7 тысяч долларов. У них в описании указано, что можно секвенировать на miseq, но к сожалению не указано сколько образцов рекомендовано включать в запуск, а ссылки на полную документацию битые

У меня и там и там где-то три месяца от подачи было

Как минимум 6 образцов (2 биологических повторности, если сравнивать экспрессию, а то и три лучше). Примерно по 15-17 миллионов ридов. Если только для анализ экспрессии - риды можно непарные, 50-70 нп.

у саентифик репортс совершенно адские technical checks по 2 недели (придираются ко всему, вплоть до формата ссылок - и это до отправки на рецензию), очень не советую.

последнюю статью я оттуда ансабмитнула, задолбавшись ждать

А мы покупаем или продаем? :) Если серьезно, 3 линии = 9 образцов (3 повторности) по 10-15 миллионов ридов каждый. Парные делать нет большого смысла, геном маленький и просто устроенный. Исходите из цены 1000 рублей за миллион ридов.

Спасибо большое!! Теперь стало гораздо яснее.

Мы покупаем, к сожалению 😅 Большое спасибо за оценки, я понял. Получается примерно как один наш скрин на микроскопе... Буду думать.

Подскажите, пожалуйста, качественный ресурс(ы) о новостях (нужно популярное изложение, не для специалистов) в мире медицины и биологии. Интересуюсь для общего развития, а то совсем невежда в этих науках. Чтоб с ликбезами..

телеграм каналы, сайты, обзорные статьи. Не обязательно на русском

Благодарю

thank u!

а вот у некоторых 47% - это же мега круто. Где про них почитать?

вот нашёл https://www.nrel.gov/news/press/2020/nrel-six-junction-solar-cell-sets-two-world-records-for-efficiency.html

не понимаю в чём подвох. 47% это же круто, почему об этом говорится совершенно буднично?

«Мне кажется что порядок как минимум 50000-100 000 рублей за точку в РФ по крайней мере. А нужно по 3-4 повтора минимум.»
(С) Александров

Вообще лучше спросить совета у тех, кто будет анализировать данные, какая глубина и сколько повторностей надо для того, что хочется посмотреть. А цены просто у фасилити узнать, и с ними посоветоваться, какие есть варианты

А то ведь цены в рублях в России тебе мало актуальны, я подозреваю?

Спасибо! Наверное сможем сэкономить, если подсунем соседней лабе в какой-то большой эксперимент. Но общий порядок цен понятен.