А что вы хотели, минио использует ФС системы, соответсвено и приложения должны уметь правильно сохранять файлы и не складывать всё в одну папку
Я повторю свой вопрос, который уже ранее задавал.
А что мешает минио раскладывать файлы так, как ему нужно в угоду производительности? У seaweedfs для этого существует метадата, которая может храниться в отдельной БД.
Если ты, условно, предоставляшь сервис, а некий Вася Пупкин заливает плоско дохуя файлов. В итоге сервис умирает для всех, а не только для Васи Пупкина. Супер, да?