cow это алгоритм записи, сам по себе он не гарантирует атомарность. для каждого блока идет вычисление чексуммы и транзакционная запись txg. это в сумме дает много шансов что при живом железе данные записанные на zfs будут консистентны. понятно что от багов в самой реализации zfs это не спасает. видел как в ранних версиях zol расползались индексы внутри пула под нагрузкой.