В том что хдд дают гарантии атомарности на уровне сектора. Ос работает постранично. Итого, если ос хочет прописатт 4кб, а записалось только 2.5 из них в рандомном порядке, то возникают хуи. Впрочем, с этими хуями все умеют работать
но вот если брать ZFS, то там ждет ебический подводный камень при создании raidz/raidz2 пула с ashift=12, а именно до 60% пространства будет просрано под метаданные и еще какую-то хуйню