от rm -rf может и ssd загнутся ) уже был опыт ) для удаления большого количества мелких файлов использую perl скрипт для удаления файлов пачками в цикле со слипами.
у меня сейчас в проекте всего около 14к файлов, это за три года существования проекта. Их количество рости не стремительно не будет. Файлы раскиданы по разным каталогам. В моем сценарии нет необходимости удалять их.
Сча тоже буду хранение картинок делать. Пришёл к выводу что самый простой способ seaweedfs, там и реплика и за счёт алгоритма рафт новый мастер быстро выбирается