Тут два варианта, либо он накосячил с установкой своих питоновских requirements, либо на Kali неправильные либы.
Почему? Потому-что на ней, все Python пакеты, устанавливаются исключительно, либо в пользовательскую директорию (что рекомендуют делать все), либо в dist-packages, а не site-packages.
И того получается что дистр, сильно зависим от Python пакетов и установка последних реализована посредством ложки с говном. При удалении исходной директории с Python пакетами, потом в жизни не сможешь восстановить все зависимости при переустановке.
Итог такой, Kali говно. Нет можно конечно использовать pyenv, но это надолго не спасёт.