И это правильно. В текущей версии алго, внутреннее ссылочное почти полностью нивелировано.
Исключение сейчас составляют только контент хабы, там, где нет конкуренции по внешнему ссылочному.
По вложенности - Мюллер недавно отвечал, гуглу до лампочки на уровень вложенности структурный, главное кол-во кликов от главной. Ближние являются быстро-переиндеесируемыми, дальние менее быстро переиндексируемыми.
Любая нормальная ссылка в текущем алго перебивает всю внутреннюю структуру ссылочного, не подкрепленного внешкой (!ОДНА ССЫЛКА ВЕСЬ САЙТ!)
Внутренняя линковка решает только как и куда вы будете сливать пришедший извне вес.