Думаю есть вероятность какой-то "скрытой мотивации" от яндекса крутить рекламу, а взамен плюшки в виде подъема позиций давать. Но сам лично существенного доказательства не видел.
трафик влияет на ПФ. Чем больше данных - тем проще алгоритму ранжировать. Так что Директ может как в плюс, так и в минус сработать.