Данные Вебмастера отличаются от данных Метрики, так как в статистике Вебмастера отображаются клики по ссылке на сайт из результатов поиска. В отчете Метрики Поисковые фразы показываются визиты, которые состоялись по таким кликам. При этом количество кликов не всегда равно количеству визитов, так как Метрика может не засчитать клик как визит. Основные причины этого:
сайт недоступен в момент перехода по ссылке;
счетчик Метрики установлен на сайт некорректно;
на странице, на которую посетитель перешел из результатов поиска, отсутствует счетчик Метрики;
браузер посетителя не успел загрузить код счетчика;
https://yandex.ru/support/webmaster/service/queries-analytic.html#queries-analytic