короче если кодировка ВДРУГ в менеджере стала кривой - это значит сохранена она была в другой кодировке, отличающейся от той, которая в плагине\джире.
редактировать документ не нужно. т.к. например:
был файл в 1251. - открыли в менеджере - там кракозябры. редактируем его. сохраняем - и документ уже станет UTF8 (как в приложении) а имеющиеся символы не конвертнет. и они поплывут (тоже станут кракозябрами). самый норм - не трогая в менеджере - зайти в notepad++ и конвертнуть в требуемый