С компанией заключается договор на разработку программного обеспечения. Сотрудник в РФ открывает ИП с одноименным ОКВЭД.
Далее каждый месяц подписывается акт о выполненных работах и сотрудник выставляет счет компании.
Она переводит на российский ИПшный банк, если сумма больше 200к рублей в месяц, то банк эти средства блокирует, сотрудник предоставляет в банк акт и счет, банк производит валютный контроль и разблокировку средств. Если сумма меньше 200к то обычно до достижения определенного оборота документов (акт, счет) банк не требует.
Дальше можно тратить деньги либо прямо с ИПшного банка, либо перевести самому себе на обычный банк.
ИПшный банк за всё это берет некоторые комиссии - rule of thumb это примерно 1% от поступившей суммы (итоговая сумма зависит от тарифов банка).
Налоги и взносы платит сам сотрудник за себя в РФ, например по упрощенной системе налогообложения 6%, но есть и другие варианты.