Она не просто переписывает раздел, она может его и удалить, если говорить о 7-8.1 версиях. Помимо этого винда захватывает и затирает настройки не легаси на остальных дисках. Тип у тебя есть несколько дисков и надо на один установить винду, то остальные нужно отключить, ибо она может всё разделы на них переебать загрузочные. В убунте эту хуйню вроде исправили и она как-то по хитрошопому подключается, но в нормальных дистрах просто ефи файл затирается и ставится от винды, ломая загрузчик в лучшем случае или полностью форматируя раздел в версиях 7-8.1, как выше писал