Задача уже выолнена брутфорсом. При создании каждого нового сервера я вынужден был перещелкиваться на вкладку адвансед и писать 5. Я почти уерен, что не в настройках, так в xml како-нибудь можно выставить значение по-умолчанию при добавлении записи в registered servers
Если не ошибаюсь, то тут содержится список серверов со строками подключения:
C:\Users\твой логин\AppData\Roaming\Microsoft\Microsoft SQL Server\140\Tools\Shell
RegSrvr.xml
Там можно всем скопом таймаут поменять
;connect timeout=30;