надо понять, что происходит. когда ты запускаешь альтер он пытается повесить блокировку схемы. если на таблице имеются разделяемые или эксклюзивные блокировки, то твой запрос на альтер встанет в очередь.
т.е. запускаешь - смотришь блокировки.
также на поведение будет влиять опция WITH (ONLINE=ON) для ALTER TABLE