Ну и наконец, после прошивки МК нужно сначала нажать Ресет, и только потом открывать терминал. Ресет нужно нажимать обязательно (из-за этого у меня на видео не коннектилось, дело было не в правах, а в ресете), чтоб комп заново опознал новое устройство. Это описано по ссылке выше.
Если прижимание D+ к «земле» не делать, тогда после прошивки нужно передёргивать провод ЮСБ.
Это не неисправность и не какой-то косяк в плате или программе, это требование протокола ЮСБ.
Так же нужно закрывать терминал перед прошивкой камня, иначе плата перескочит на другой порт.