Обработчик EXTI никаких миллисекунд не считает, он считает внешние импульсы.
Когда я написал 4 мс, я имел в виду, что при максимальной скорости 15000 обр/мин., обработчик будет срабатывать раз в 4мс, то есть времени полно, и можно смело использовать внешнее прерывание вместо конструкции с таймерами, описанной в моей статье.