С начала вспышки болезни в Китае до марта 2020 года, на основе анализа 103 публично доступных генома SARS-CoV-2 было обнаружено не менее 149 изменений в штамме. Как показало исследование, коронавирус выделился в два подтипа: наиболее часто встречающийся L (70%) и S, доля которого составляет 30%. Подтип L чаще встречался на ранних этапах вспышки в Ухане, однако к началу января 2020 года его частота снизилась. Человеческое вмешательство оказало сильное селективное давление на этот подтип, который может быть более агрессивен и распространяется быстрее. С другой стороны, сравнительная распространенность подтипа S, который эволюционно старее и менее агрессивен, вероятно, возросла в силу более слабого селективного давления