Так то можно и схему сущностей в базу положить, получится друпал
Ну кстати еще вариант: хранить иерархию в базе, и кодогенерировать php файл с иерархиями на основе данных в базе, когда они меняются там. Т.е. даже особо костылять не надо будет с открытием конекшена через pdo