Всем спасибо за ответы, я всю инфу по ссылкам сегодня прочитал, попробовал применить, но не вышло. Про рефлексию немного не понял (я знаю что это такое, но не понял как применить к текущей ситуации). Сегодня дошла мысль, что проблема в основном в репозиториях(ибо их много, и тянуть каждый раз новый это нудно и некрасиво), вспомнил, что через em можно вызвать getRepository и теперь через этот метод буду подключать уже нужные репы в нужных классах через эту функцию, что в принципе, решает мою проблему полностью, а основные зависимости типо em или логгеров буду прокидывать через сеттер из вне.