Антибиотики как раз убивают простые организмы, бактерии и микоогрганизмы (грибы). У бактерий антибиотик либо спосубствует разрушению их защитного слоя, либо нарушает работу их рнк.
Антибиотики не трогают грибы, во-первых. Во-вторых, грибы не обитают в ЖКТ, в противном случае это патология