Я не разработчик десктопной версии, поэтому, прежде всего, рекомендую ознакомиться с этой длинной веткой обсуждений -
https://github.com/telegramdesktop/tdesktop/issues/871А так вообще видятся следующие проблемы (не знаю, насколько они решаемы сейчас, в 2017):
1) Нет возможности предотвратить (или, хотя бы, отследить) создание снимков экрана (скриншотов)
2) В той же винде, например, приложение А может видеть файлы, создаваемые приложением В
3) Решение, если мы говорим о Telegram Desktop, должно быть кроссплатформенным, т.е. работать одновременно в Windows, Linux и MacOS.
Существует отдельное официальное приложение для MacOS (
macos.telegram.org), в котором есть поддержка секретных чатов.