В общем проблема с файлами xxx.db-wal (это write ahead log разных sqlite БД которые использует ТГ) вот какая:
В нормальном состоянии они должны автоматом удаляться при закрытии все соединений с базой. Но иногда они остаются,
если приложение закрывают принудительно. Тогда надо либо открыть и тут же закрыть базу, тогда их очищает драйвер БД,
либо программно самому. Второй вариант выполняется похоже что только лишь при логине.
Интересно, в файле
MessagesStorage.java, строка 246 закомментирован кусочек, где берется размер этого файла журнала,
т.е. ТГ показывает размер кэша текстовых сообщений без него. Т.е. похоже разработчик в курсе проблем с этими файлами.