Ну ты сам видишь, сколько твоя фича создаёт вопросов, проработок, нюансов и т.д.
Ну, ок
Можно, наверное, сделать так, чтобы секретные чаты появлялись во всех активных приложениях, а когда ты открываешь секретный чат с какого-то определенного устройства, то другие чаты пропадают. А пользователь не сможет отправить сообщение, пока ты не зайдёшь в сам чат.
Ну, это один из вариантов. Что-то можно придумать, если этим вопросом серьезно заняться