Я переписал немного:
string = "aaaabbcaa"
count = 1
result = ''
for i in range(0, len(string)-1 ):
if string[i] == string[i+1]:
count += 1
else:
result = result + (str(count)+string[i])
count = 1
print(result)
Но получается что не учитываются последние символы.