Если по https, то Setting -> Developer settings -> Personal access tokes -> Generate new token. Там выбираем уровень доступа (скорее всего вам нужет только Repo), копируем токен и используем его с вашим логином вместо пароля. Также токен можно добавить в приложение(например в Atom) для работы с репозиторием. Это предпочитаемый метод работы с репозиториями, который также позволяет обеспечить хорошую безопасность. Преимущество перед использованием вашело логина с вашим паролем заключается в том, что часто у вашего аккаута пароля может не быть, ибо используется корпоративный логин например.