Попадая в организм гены вируса встраиваются в геном клеток, имеющих CD4-рецепторы на своей поверхности. После этого начинается продукция новых копий вируса. Размножение ВИЧ прекращается при современном лечении. Однако пораженные клетки иммунной системы становятся своеобразным резервуаром ВИЧ и не могут быть освобождены от него всеми доступными на сегодняшний день методами. Они-то и становятся причиной прогрессирования инфекции, ведь в любой момент репродукция вируса может возобновиться.