Чятик, а как перегенрить /etc/machine-id? Только ли в этом файле он или где-то ещё прибит гвоздями?
If this file is empty or missing, systemd will attempt to use the D-Bus machine ID from
/var/lib/dbus/machine-id, the value of the kernel command line option container_uuid, the KVM DMI product_uuid (on KVM systems), and finally a randomly generated UUID.