То есть содержимое исходного добавляется, поверх содержимое монтируемого.
Не, не так. Поговорил с девами. В случае открытых файлов с прошлой фс -- у них есть точное соответствие с файловыми дескрипторами, инодами и девайсами. ФС же не отмеонтировали. Поэтому все должно быть норм и без коррапта.