Мне лень пояснять, но ладно, я попробую. Заранее извиняюсь за непонятные для неокрепших умов слова.
Современные процессоры умненькие и умеют не только доту гонять, но ещё и помогают шифрованию всякими штуками типа intel-ni. И если посмотреть красивые схемки как работает шифрование и хоть немного представлять как взаимодействуют проц-озу-память, то боттлнек как раз таки процессор и винта эта вся процедура мало касается. Но даже без поддержки всей этой ебанины люкс снижает IOPS на 25-30% максимум.
Метод с криптоконтейнерами не то что неудобен, так он ещё и требует знатно поебаться, введения стандартизации хранения файлов (пояснять бухгалтерши за FHS - это тот ещё головняк) в организации + он сука медленный, потому что используется FUSE. Вот это юзать как раз таки оверхед - там вполне можно просадить до 1/3.