добрый день, надеюсь у вас есть бэкапы. Если процедура удаления снапшотов действительно завершилась, то копайте в сторону ошибки при консолидации. Встречал подобную ошибку в ESXi 5.1 там хосты не отпускали файл виртуальной машины, возможно это ваш случай, исправляется только через SSH или PoweCLI. Удачи)