странно, что для этого нету готовой утилиты, формат VMDK описан 13 лет назад
Проблема была в том, что все отработало штатно и хвосты штатно удалились. Если бы пофейлилось, то осталось бы. А так да, было бы классно, если была возможность сделать откат последнего действия, даже консолидации