у меня была похожая ситуация. Решилось как-то тупо. Кажется это началось после того как я принудительно убил процесс vscode, начал открываться вторым окном давно удаленный файл. Не помню точно, но вроде помогло следующее - сохранить этот несчастный файл куда-нибудь, закрыть по-очереди оба окна vscode (так чтобы несохраненных файлов небыло), потом октрыть vscode по-новой, увидим пустой стартовый экран - все больше этот файл не откроется