Знаю, что к каждому проекту в папке .vscode в настроках Workspace Settings (JSON) можно прописать настройки, которые будту работать только для этого проекта. Не уверен на счет расширений, но как минимум за счет настроек проекта можно тонко настраивать расширения, думаю вплоть до их отключения (т.е. как возможный вариант - иметь пул расширений, а в настроках для каждого проекта отключать некоторые). Ну это то что сейчас в голову пришло