помимо стека ещё проблема и в куче будет, если менеджер кучи вкомпилирован в каждый модуль. Можно сделать malloc/free/... импортируемыми и загрузить третий модуль, который будет отвечать за управление кучей и экспортировать malloc/free/...
мы во Fluence примерно так делаем в прототипе :). Я ещё экспериментировал со своим heap_base для каждого модуля, но это чуть сложнее