Много чем. Во первых там совершенно разные типы jit компиляторов. В wasmtime да и во всех остальных движках для wasm нету деоптимизаций, т е производительность не может деградировать в произвольный момент, кроме в wasm есть информация о типах, которая позволяет оптимизировать лучше и быстрее.
Я скорее про то, что wasmtime тоже надо греть иначе производительность скакнет в произвольный момент (но, да, только в одну сторону). И что этот скачок может сопровождаться фризами (хотя смотря где там jit происходит)
Но если дальше лезть в кроличью нору, то окажется, что вообще любой код греть надо, даже нативный