sideEffects может быть не только true/false, там может быть массив с глобами. выключи для css
у меня на проекте используется https://www.npmjs.com/package/stylus есть импорт import '../../styles/document.styl'; // Root Styles в компоненте Layout
дак вот без "sideEffects": [ "*.css", "*.styl", ],
Если импортировать файл с сайд эффектом (стиль в данном случае) то и тот файл куда импортировали файл становится с сайд эффектом т.к. сам становится источником сайд эффекта
Я бы завел ишью в вебпаке и посмотрел что предложат его создатели, возможно есть какой-то воркэраунд, как минимум это может быть кастомный плагин который сортанет внутренний стейт вебпака