у меня вот с терминалом как то был такой глюк. У меня был в одном из окон запущен скрипт для обработки буфера обмена (чота там парсил, фиксил когда появлялся новый текст и вставлял обратно). В какой то момент я обнаружил что терминал у меня не запущен, в смысле на панели показывается как незапущенный, окна нет... Но скрипт работает - буфер фиксит =) Причем терминал заново не запускается, молча. После перезагрузки прошл.