По Хаконе надо брать местный проездной, он окупается за один круговой маршрут (старенький поезд от Хаконе-Юмото до Горы, оттуда выше на наклонном поезде, потом канатка до Овакудани, оттуда канатка вниз до причала, там по озеру на корабле, от другого причала на автобусе куда нужно, либо этот же маршрут наоборот). Это всё входит в Hakone free pass, плюс туда же входят скидки на посещение всяких музеев. И ещё: до самого Хаконе тоже полностью не доехать по джейар пассу, надо ехать до станции Odawara, там покупать проездной и по нему уже ехать в Хаконе (не на romance car, на него не работают никакие проездные).