Отвечая на свой вопрос. Всю страну можно проехать за 1д 4часа. И на JR пасе в принципе.
Если это разбить на отрезки:
Кагошима - Фукуока
Фукуока - Осака
Осака - Токио
Токио - Хакодате
Хакодате - Вакканаи
То за 5 дней с ночевками.
Ну что то слишком быстро и бестолково(
Можно добавить как минимум Хиросиму, Нагою, Нагано.
В общем надо посидеть выписать маршрут))