не с той стороны заходишь.
phoenix – это просто web интерфейс к приложению. и все что связанно именно с web layer обычно лежит в myapp_web модуле.
а вот основная бизнес логика - в myapp. в том числе модули для работы с api.
по собственному опыту, state в elixir нужен достаточно редко, и как правило лучше сначала придумать как решить задачу без него. но тут ymmv