AD
по опыту могу сказать, все эти зависимости лучше удалять, и пересобирать заново, это проще и надёжнее, чем сидеть и в них разбираться
с подобным сталкивался и с гемами руби(гемсетами), и с зависимостями npm-пакетов
даже иногда пересоздаю инстанс postgres, чтобы не заморачиваться с базами