при восстановлении приложений возобновляй рассчёт и отталкивайся от текущего времени, а не просто считай в приложении по количеству вызовов таймера
Ок, наверно не совсем то, или я не пойму.
К примеру: юзер запустил счётчик на 10 минут,обратный отчёт пошёл, допустим он свернул приложение, перешёл в другое, заблокировал телефон, не важно, процесс остановился на 8:00 минутах. При этом пользователь 8,10,20... минут не заходит в приложение, как в таком случае те 8 минут проконтролировать и оповестить пользователя (с оповещением проблем нет)?