Не исчезнет, он там нужен. Даже без моего автолоадера модулей.
Элементарная ситуация. У тебя есть в приложении DocumentStorageInterface, на него забинден LocalSrorage, тебе нужно для одной группы роутов чтобы доки сохранялис в S3, ты делаешь контейнер в котором биндишь на этот интерфейс S3Storage, запихаешь в композитный контейнер основной и этот новый и композитный задаешь группе роутов. Все, у тебя в этой группе DocumentStorageInterface будет возвращать S3Storage.