Не. Через bootstrap() это у меня на yii2 так автолоадер работает. Здесь через middleware. Суть в том, что у модуля есть конфиг, в котором прописаны сервисы, маршруты и прочие параметры. Они должны мержиться плагином для комозера и подхватываться на лету, и потом сервисы регаются, а маршруты добавляются как отдельная группа (по умолчанию префикс - айди/имя модуля, но можно мапить). Пока что все еще в процессе экспериментирования и поиска наилучшего решения, но думаю, что до конца следующей недлели сделаю демку блога с модулями.