Я сначала думал в сторону объединения параметров прямо в конфигурации
"paramsBackend": [ "$params", "config/params.php"]
И потом это использовать $paramsBackend внутри конфигов.
Но это не рабочий вариант, так как их нельзя будет в общих конфигах использовать. Поэтому нужно везде в конфигах использовать $params, но каким-то образом переопределять этот массив для каждой из конфигураций.