все эти штуки типа маппинга структуры на базу и генерации миграций работают через генераторы, которые в FromConveyorSchemaProvider. FromConveyorSchemaProvider настроен на аннотации
Если написать генераторы, которые будут читать схему из файла, то можно будет маппить из файла. Но в схеме в файле инфы меньше, чем в аннотациях, поэтому качество маппинга из такой схемы может страдать