Зато в пакетах общего назначения будет ясно, что это конфиги именно для yii
В пакетах да, а вот в приложении нет. Может добавить параметры в конфиг плагин:
Один для указания папки с конфигами в приложении ( по умолчанию config)
Второй для указания папки с конфигами в пакетах ( строка или массив, по умолчанию config) и этот параметр для yii app переименует в config.yii