Я обычно разные окружения завожу для разработки и для тестов. Если речь о докер-композе, то два разных конфига делаются. Но если разница только в переменных окружения, то, конечно, это как из пушки по воробьям.
В целом в моих проектах запуском тестов всегда занимается не vendor/bin/coolTool
, а какой-нибудь скрипт (Makefile, Taskfile), который и выставляет все переменные, проверяет зависимости и пр.