"In the application template yiisoft/composer-config-plugin is used. What the plugin does is collecting configs specified in all dependencies composer.json, config-plugin section and merging them on composer dump-autoload, composer update or composer install." Это ппц конечно (((
Если не нравится юзать дефолтные конфиги - можешь просто написать свои, руководствуясь тем, что в пакете опубликовано :) Правда, я не понимаю пока, где здесь тот самый ппц.