Те над которыми сейчас работаешь ты в любом случае будешь указывать, вопрос в том над каким множеством ты работаешь чаще всего:
1. Все пакеты
2. Несколько пакетов упомянутых в конфиге
3. Несколько пакетов не упомянутых в конфиге
С 3-м пунктом нельзя работать, насколько я знаю.
Я работаю обычно над 1-2 пакетами. Либо из тулзы этой, либо захожу внутрь пакета.
Со всеми пакетами тоже работаю, когда нужны глобальные доработки.